这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托展开调查，并在一连串凶险追查的过程中与前特种部队成员巴特（松田健一郎 配音）和时为新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助 配音）邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方……
本片根据士郎正宗的原作改编。
坂本真绫 关智一 中田让治 饭冢雅弓 高山南 辻谷耕史 三木真一郎 大谷育江 茶风林 武田亚希 大川透 上田祐司 松尾银三 桧山修之 中岛聪彦 室园丈裕 山口胜平 河野健祐 松山鹰志 龟井芳子 间宫胡桃 高桥广树 土屋利秀 山岸功 尾形雅宏 乃村健次 木村雅史 田中润 大塚小百合 丸山咏二 京田尚子 小杉十郎太 长克巳 玄田哲章
朴璐美 钉宫理惠 坂本真绫 森川智之 木内秀信 三木真一郎 折笠富美子 高本惠 内海贤二 玉川纱己子 屋良有作 古岛清孝 川田绅司 星野贵纪 岸野幸正 梅津秀行 江川央生 石井康嗣 田中敦子 木村良平 东山奈央 佐藤健辅 小伏伸之 田中美奈实 小杉龙一 吉田敬
大原沙耶香 福山润 中井和哉 伊藤静 望月久代 菊地美香 松尾佳子 柚木凉香 松野太纪 楠见尚己 平川大辅 喜多川拓郎 福松进纱 小阪由佳 峰敦子 矢尾一树 入野自由 坂本真绫
下野纮 久川绫 坂本真绫 桥本一子 桑岛法子 嘉数由美 野岛裕史 川澄绫子 中田让治 宫本充 关俊彦 宫田幸季 杉本优 大塚芳忠 浅川悠 折笠富美子 田坂秀树 原泽晃绮 松本大 细井治 河口博 大塚周夫 家弓家正 兵藤真子
岛崎信长 高桥李依 川澄绫子 铃村健一 坂本真绫 关智一 小林优 樱井孝宏 浅川悠 植田佳奈 远藤绫 伊藤美纪 早见沙织 稻田彻 三木真一郎 悠木碧 中田让治 内山夕实 野岛健儿 米泽圆 杉田智和
富田美忧 伊濑茉莉也 大原沙耶香 丰崎爱生 田村睦心 沼仓爱美 塙爱美 村田太志 泽海阳子 稻田彻 茶风林 新祐树 中务贵幸 川原庆久 村濑步 松川央树 今井昭畅 福西胜也 小堀幸 滑川洋平 伊原正明 新田大地 丹羽正人 坂本真绫
坂本真绫 塾一久 松田健一郎 新垣樽助 咲野俊介 中国卓郎 上田燿司 中井和哉 泽城美雪 浅野麻由美 星野贵纪 间宫康弘 野岛健儿 沼仓爱美 龟中理惠子 西村知道 宫内敦士 神奈延年 麦人 加濑康之 潘惠美 盐屋浩三 寺杣昌纪 近藤浩德 后藤弘树 木岛隆一 拜真之介 山口惠 佐佐木义人 佐野康之 片冈直人